El secreto de la naturaleza recorre la vida y obra de Pedro Miguel Etxenike. El documental plantea al espectador las reflexiones de Etxenike en torno a la ciencia, preguntándose qué es y en qué consiste. El reputado físico propone una reflexión partiendo de un par de preguntas estéticas: ¿es la belleza criterio de verdad? ¿Qué es la belleza?
Tras la proyección, entrevista-coloquio entre Pedro M. Etxenike, catedrático de Física de la Materia Condensada de UPV/EHU y presidente del Donostia International Physics Center (DIPC) e Icíar Astiasarán Anchía, catedrática de Nutrición y Bromatología den la Universidad de Navarra y miembro de Jakiunde (Academia Vasca de las Ciencias las Artes y las Letras).